شن مجلس الشورى انتقادات لارتفاع مخصصات رئاسة الجمهورية في العام الأول للرئيس محمد مرسي، عن سابقتها في عهد الرئيس السابق محمد حسني مبارك، وهو ما أدى إلى إنتقادات كبيرة لمؤسسة الرئاسة وحزب "الحرية والعدالة" الذراع الساسي لجماعة "الإخوان المسلمين". وأكد عضو مجلس الشورى عن حزب "النور" ووكيل اللجنة المالية والاقتصادية عبد الحليم الجمال، أن المخصصات المالية لمؤسسة الرئاسة في الموازنة الجديدة تبلغ 330،2 مليون جنيه بزيادة 76 مليوناً عن أخر مخصصات للمؤسسة فى عهد الرئيس المخلوع. وأشار إلى أن بند الأجور والتعويضات فقط للعاملين بمؤسسة الرئاسة في عهد الرئيس مرسي يبلغ 278،5 مليونا وتزيد عن جملة الاعتمادات الرئاسية في عهد المخلوع شاملاً الأجور وشراء السلع والخدمات والدعم والمنح والمزايا الاجتماعية والمصروفات الأخرى ومقابل شراء الأصول بمبلغ 35 مليون جنيه. وأوضح الجمال أنه تفاجأ من هذا الرقم، خصوصا أن الموازنة العامة للدولة تعاني من عجز نقدي يقدر بنحو 195 مليار جنيه، مضيفاً أنه كان يرى أن الرئيس ومعاونيه هم موظفون عند أبناء هذا الوطن، مستغربا من إعلان الدكتور مرسي أنه ليس له حقوق وأن عليه واجبات!. وانتقد حزب التيار المصري ما أسماها ‘مخالفة الموازنة العامة المعلنة لتصريحات الرئاسة السابقة، بشأن تقليل مخصصات الرئاسة، كنوع من ترشيد الإنفاق خلال هذه الفترة التي يعاني فيها الاقتصاد المصري. وقال الحزب"علينا الموازنة العامة للدولة للسنة المالية الجديدة بزيادة في مخصصات الرئاسة عن السنة المالية الحالية تقدر بـ 40 مليون جنيه، حيث ظهرت مخصصات الرئاسة في السنة المالية الجديدة بمبلغ 330 مليون جنيه فيما كانت مخصصات الرئاسة في السنة المالية السابقة 290 مليون جنيه". وأضاف "ليس هذا فحسب بل التزمت الحكومة بعدم الشفافية فى مشروع الموازنة المعروض في هذا الشأن حيث ظهرت مخصصات الرئاسة كرقم مجمل أيضا كما حدث بالنسبة لمخصصات وزارة الداخلية". وتابع" نطالب الحكومة بالتزام الشفافية وعرض الأرقام التفصيلية للموازنة العامة بما يتماشى مع حق المواطن دستوريا في حرية تداول المعلومات والإطلاع عليها وبما يتيح لأعضاء مجلس الشورى القيام بواجبهم". وأكد رئيس الجهاز المركزي للمحاسبات المستشار هشام جنينة أن الجهاز سينتهي خلال أسابيع من فحص ميزانية ومصروفات مؤسسة الرئاسة وسيتم عرض نتائج ذلك الفحص بشفافية تامة على الرأي العام،مضيفا  " أن الرئيس محمد مرسي أعطى تعليماته بتسهيل الإجراءات لمسئولي الجهاز ليتمكنوا من فحص جميع مصروفات الرئاسة". وأضاف أن الرئيس كان يستجيب لجميع ملاحظات جهاز المحاسبات تجاه أية أخطاء إدارية ليتم تصحيحها فورا. وقال إنه لم تعد هناك أسراراً يتم منعها عن المواطن المصري بعد ثورة يناير. وأضاف رئيس جهاز المحاسبات أنه من هذا المنطلق سوف يتم فحص ميزانية نادي القضاة التي اعترض المستشار أحمد الزند على خضوعها للجهاز، مشيرا إلى أن الجهاز يفحص ميزانيات المحاكم ونادي القضاة، به حصة من المال العام ودعم من الدولة. وأهاب جنينة بأعضاء النادي تمكين رجال الجهاز المركزي من فحص جميع المصروفات بشفافية، مؤكدا أن هذا إجراء لايمس الشأن القضائي، مشيرا إلى ضرورة أن يكون القضاة أول المؤيدين للفحص تأكيدا لمبدأ النزاهة. وقال رئيس الجهاز إنه سيرفع تقريرا مهما لرئيس الجمهورية بشأن إعادة استغلال أراضي طرح النهر لتوفير 15 مليار جنيه للدولة، حيث كانت هذه الأموال مهدرة بسبب سوء الاستخدام وبعض المزايدات غير السليمة التي خصصت أراضي طرح النهر بسعر بخس، مضيفا "اللجنة التي قام بتشكيلها لفحص مخالفات الخصخصة مستمرة في عملها، بسبب ضخامة الملفات وإبعاد مسئولي الجهاز المركزي للمحاسبات عن هذا الملف في الماضي".